El Museo de los Niños fue fundado por la Fundación Museo de los Niños en el año 1986, bajo el liderazgo del Presidente Belisario Betancur, con el apoyo de un distinguido grupo de empresarios colombianos y dirigentes de entidades estatales. El Museo abrió sus puertas al público en el año 1987 y ocupa un conjunto de edificios con más de 8.000 metros cuadrados de construcción en la intersección de la calle 63 y la carrera 60, en el centro geográfico de la ciudad de Bogotá.